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为精准快速处置新冠疫情，实现传染病的快速鉴定和溯源，今年以来，在市委、市政府的关心和重视下，泸州市疾控中心引进全基因组测序设备，组织专业技术人员攻坚克难，在最短时间内掌握了全基因组测序的整个操作流程及测序结果分析技术，成功搭建高通量基因测序平台。
8月24日，泸州新增两例无症状感染者，系省外闭环管理人员。8月28日，泸州市检出一名新冠肺炎阳性病例。泸州市疾控中心微生物检验室迅速投入实战，在前期技术储备基础上，第一时间对相关标本开展病毒全基因组测序，结果表明，24日新增无症状感染者病毒株为奥密克戎变异株BA.2.76亚型，28日新增确诊病例病毒株为奥密克戎变异株BA.5.1.3亚型。序列经四川省疾控中心复核，结果无误。这是我中心首次独立完成新冠病毒全基因组测序，标志着泸州市疾控中心成功具备了基因测序能力，为全市新冠肺炎疫情防控和其他传染病的病原体鉴定溯源、特征分析、应急处置提供了强大的技术支撑。
目前，新冠病毒全基因组测序一般使用的是第二代测序（Next-generation sequencing，NGS），又称为高通量测序，是基于PCR和基因芯片发展而来的DNA测序技术。与核酸检测相比，基因测序程序更为复杂，操作难度大，投入的时间和精力多，要求实验人员在每个实验环节做到精准化无缝衔接。整个测序流程包括核酸提取、目的基因的捕获、扩增、纯化、建库、上机测序和数据分析等步骤。依据使用试剂盒不同，全程大概需耗时16-32h。
为什么要对新冠病毒进行全基因组测序呢？
病毒的基因组序列是病毒传播进化的直接证据，对基因序列的深入分析可以准确的判断其地域来源及这些病例是否来自同一传播链或传染源。
对疫情中首发或早期病例开展基因测序是加强疫情监测的重要内容之一，除了可以及时发现和分析感染来源外，通过动态地监测病毒变异情况，对预判流行风险、筛选治疗药物发挥着重要作用，为后续调整防控政策等提供科学的依据。
通过对国内外变异病毒的监测，有关机构还可以及时增加疫苗成分，提高疫苗的有效保护率。
本文来源于微信公众号“泸州疾控”
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